清溪，明洪武年间（1386--1398），蓝万成从茅盎村迁清溪边立村，后形成清溪圩（老圩），民国13年（1927年）在清溪对岸建清溪新圩。明代为文顺乡辖，清代初为京山司辖，后又为捕厅管辖。

中华民国建立后设立筹办处，辖区为99村。民国24年设乡公所为东莞县第四区辖。1944间中共曾在此建立根据地。

中华人民共和国成立后，1950年与塘厦合称新三区，1951年又改作第七区，1958年并入塘厦公社，1959年析出成立清溪公社，1983年9月撤公社建区，1987年5月撤区建镇沿革至今，1988年东莞升格为地级市，清溪成为中华人民共和国中为数不多的地级市直辖乡镇。